https://hdl.handle.net/20.500.12893/14579 Fri, 10 Apr 2026 15:40:14 GMT 2026-04-10T15:40:14Z https://hdl.handle.net/20.500.12893/14876 Rendimiento diagnóstico de la técnica RT-LAMP frente al RT-PCR a tiempo real en la detección de SARS-CoV-2 en hisopados nasofaríngeos, Lambayeque, 2022 Aguilar Gamboa, Franklin Rómulo Introducción: El virus SARS-CoV-2 es el causante de la pandemia más reciente del siglo XXI. Para su detección, la técnica de RT-qPCR en tiempo real se ha establecido como el método diagnóstico molecular de referencia, debido a su alta sensibilidad y especificidad. Sin embargo, existe la necesidad de contar con alternativas diagnósticas moleculares que sean igual o más sensibles y de fácil acceso y aplicación. Objetivos: Determinar la sensibilidad y especificidad de RT-LAMP y RT-qPCR, para la detección de SARS-CoV-2 yevaluar la correlación entre los resultados cuantitativos obtenidos mediante la técnica RT- LAMP, medidos a través de la densidad óptica, y los valores de ciclos umbral (Ct) provistospor la RT-qPCR. Así como estudiar la concordancia diagnóstica entre los resultados proporcionados por ambas técnicas. Métodos: Estudio transversal analítico. Se analizaron 123 muestras mediante RT-qPCR y RT-LAMP. La extracción de ARN se realizó empleando kits comerciales. Se cuantificó RT-LAMP por espectrofotómetro para correlacionar con Ct de RT-qPCR y se calculó el Índice Kappa y curva ROC para evaluar concordancia. Resultados: RT-LAMP tuvo sensibilidad y especificidad mayor a 90 % frente a RT-qPCR. Se observó correlación significativa entre absorbancia de RT-LAMP y Ct de RT-PCR. Alta concordancia diagnóstica entre técnicas (Kappa y curva ROC) con un punto de corte óptimo de 0.39 para RT-LAMP. Conclusiones: RT-LAMP tiene excelente rendimiento diagnóstico frente a RT-qPCR. con correlación y una alta concordancia diagnóstica entre ambas técnicas. De este modo, RT-LAMP es una alternativa molecular fiable para la detección de SARS- CoV-2.; Introduction: The SARS-CoV-2 virus is the cause of the most recent pandemic of the 21st century. For its detection, the real-time RT-qPCR technique has been established as the reference molecular diagnostic method, due to its high sensitivity and specificity. However, there is a need to have molecular diagnostic alternatives that are equally or more sensitive and easy to access and apply. Objectives: Determine the sensitivity and specificity of RT- LAMP and RT-qPCR, for the detection of SARS-CoV-2 and evaluate the correlation between the quantitative results obtained using the RT-LAMP technique, measured through optical density, and the threshold cycle (Ct) values provided by RT-qPCR. As well as studying the diagnostic agreement between the results provided by both techniques. Methods: Analytical cross-sectional study. 123 samples were analyzed by RT-qPCR and RT-LAMP. RNA extraction was performed using commercial kits. RT-LAMP was quantified by spectrophotometer to correlate with Ct of RT-qPCR and the Kappa Index and ROC curve were calculated to evaluate agreement. Results: RT-LAMP had sensitivity and specificity greater than 90% compared to RT-qPCR. A significant correlation was observed between absorbance of RT-LAMP and Ct of RT-PCR. High diagnostic agreement between techniques (Kappa and ROC curve) with an optimal cut-off point of 0.39 for RT-LAMP. Conclusions: RT-LAMP has excellent diagnostic performance compared to RT-qPCR. with correlation and high diagnostic agreement between both techniques. In this way, RT-LAMP is a reliable molecular alternative for the detection of SARS-CoV-2. Tue, 02 Apr 2024 00:00:00 GMT https://hdl.handle.net/20.500.12893/14876 2024-04-02T00:00:00Z https://hdl.handle.net/20.500.12893/14580 Análisis genómico y funcional de Pseudomonas aeruginosa B111 aislada de las salinas de Bayovar, Piura – Perú Plasencia Rodas, Cesar Wildor Pseudomonas spp. es un grupo de bacterias que pueden adaptarse a condiciones ambientales extremas y resistir a diferentes agentes antibacterianos. Se encuentran en muchos entornos ambientales y pueden aislarse de diferentes fuentes vivas, como plantas, animales y humanos. En una investigación previa en 2015, se aisló la cepa Pseudomonas aeruginosa B111 de las salinas de Bayovar, Piura - Perú. El presente estudio tuvo como objetivos analizar estructural y funcionalmente el genoma de P. aeruginosa B111, usando distintas herramientas bioinformáticas, las cuales identificaron un genoma completo de 6.67 Mb con un contenido de GC del 66.1%, 6061 genes codificantes, 45 Islas genómicas, 05 Regiones CRISPR y 03 profagos intactos. Asimismo, el genoma de P. aeruginosa B111 contiene genes presentes en el metabolismo de compuestos aromáticos, síntesis de triptófano, producción de biosurfactantes, sideróforos, polímeros biodegradables; así como genes importantes para biorremediación, desintoxicación de cianuro, degradación del diclorometano; y en el campo clínico, mostró objetivos potenciales para el desarrollo de agentes antimicrobianos y la producción de azurina con posibles propiedades anticancerígenas. En conclusión, P. aeruginosa B111 exhibe un potencial biotecnológico significativo para aplicaciones en biorremediación y en el campo clínico, destacando su versatilidad genética y adaptabilidad a condiciones ambientales extremas.; Pseudomonas spp. is a group of bacteria that can adapt to extreme environmental conditions and resist various antibacterial agents. It is found in many environmental settings and can be isolated from different living sources, such as plants, animals, and humans. In a previous study conducted in 2015, the strain P. aeruginosa B111 was isolated from the Bayovar salt flats in Piura, Peru. The present study aimed to analyze the genome of P. aeruginosa B111 structurally and functionally using various bioinformatics tools. These tools identified a complete genome of 6.67 Mb with a GC content of 66.1%, 6,061 coding genes, 45 genomic islands, 5 CRISPR regions, and 3 inactive prophages. Additionally, the genome of P. aeruginosa B111 contains genes involved in the metabolism of aromatic compounds, tryptophan synthesis, production of biosurfactants, siderophores, and biodegradable polymers, as well as genes crucial for bioremediation, cyanide detoxification, and dichloromethane degradation. In the clinical field, it also revealed potential targets for the development of antimicrobial agents and the production of azurin, which may have anticancer properties. In conclusion, P. aeruginosa B111 demonstrates significant biotechnological potential for applications in bioremediation and the clinical field, highlighting its genetic versatility and adaptability to extreme environmental conditions. Tue, 21 Jan 2025 00:00:00 GMT https://hdl.handle.net/20.500.12893/14580 2025-01-21T00:00:00Z