Selección in silico de sgRNAs con potencial de knockout al gen adeB de la bomba de eflujo AdeABC de Acinetobacter baumannii

Abstract

El objetivo de este estudio fue seleccionar sgRNAs con potencial de knockout al gen adeB de la bomba de eflujo AdeABC de Acinetobacter baumannii de modo in-silico. Se empleó un enfoque descriptivo-computacional. Se dedujo la ubicación de los subdominios de AdeB a partir de AcrB para realizar un mapa del gen adeB. Se obtuvieron secuencias diana para el knockout del gen adeB, seleccionándose sgRNAs en base a parámetros de edición ya establecidos; Se alinearon 200 genes adeB de diferentes cepas de A. baumannii y se graficaron Logos para cada sgRNA-PAM, se seleccionaron sgRNAs completamente conservados en los nucleótidos 4 al 20, se elaboró un mapa del gen adeB incluyendo sus subdominios, residuos importantes y sgRNAs, seleccionandose sgRNAs ubicados en la primera mitad del gen adeB. Se determinó que AdeB y AcrB son homólogas y similares, esto permitió trasladar la ubicación de los subdominios de AcrB para delimitarlos en AdeB; Se obtuvieron 266 secuencias diana para el gen adeB y se seleccionaron 32 sgRNAs con eficiencias de 60.07 al 73.32, %GC entre 40% y 55%, sin autocomplementariedad, ni off-targets; Los Logos de sgRNA-PAM permitieron la selección de 8 sgRNAs completamente conservados y 1 sgRNA tolerablemente variable; seleccionándose posteriormente 7 sgRNAs presentes corriente arriba de la primera mitad del gen adeB. Los 7 sgRNAs seleccionados para el knockout del gen adeB presentaron eficiencias y %GC adecuados, sin autocomplementariedad, mismatches, ni actividad off-target, altamente conservados y específicos para sitios potenciales del gen adeB capaces de interrumpir la correcta expresión de la proteína AdeB. Palabras Clave: Acinetobacter baumannii, CRISPR, sgRNA, Knockout, Resistencia antimicrobiana, Edición genética