Rendimiento diagnóstico de la técnica RT-LAMP frente al RT-PCR a tiempo real en la detección de SARS-CoV-2 en hisopados nasofaríngeos, Lambayeque, 2022

Abstract

Introducción: El virus SARS-CoV-2 es el causante de la pandemia más reciente del siglo XXI. Para su detección, la técnica de RT-qPCR en tiempo real se ha establecido como el método diagnóstico molecular de referencia, debido a su alta sensibilidad y especificidad. Sin embargo, existe la necesidad de contar con alternativas diagnósticas moleculares que sean igual o más sensibles y de fácil acceso y aplicación. Objetivos: Determinar la sensibilidad y especificidad de RT-LAMP y RT-qPCR, para la detección de SARS-CoV-2 yevaluar la correlación entre los resultados cuantitativos obtenidos mediante la técnica RT- LAMP, medidos a través de la densidad óptica, y los valores de ciclos umbral (Ct) provistospor la RT-qPCR. Así como estudiar la concordancia diagnóstica entre los resultados proporcionados por ambas técnicas. Métodos: Estudio transversal analítico. Se analizaron 123 muestras mediante RT-qPCR y RT-LAMP. La extracción de ARN se realizó empleando kits comerciales. Se cuantificó RT-LAMP por espectrofotómetro para correlacionar con Ct de RT-qPCR y se calculó el Índice Kappa y curva ROC para evaluar concordancia. Resultados: RT-LAMP tuvo sensibilidad y especificidad mayor a 90 % frente a RT-qPCR. Se observó correlación significativa entre absorbancia de RT-LAMP y Ct de RT-PCR. Alta concordancia diagnóstica entre técnicas (Kappa y curva ROC) con un punto de corte óptimo de 0.39 para RT-LAMP. Conclusiones: RT-LAMP tiene excelente rendimiento diagnóstico frente a RT-qPCR. con correlación y una alta concordancia diagnóstica entre ambas técnicas.

De este modo, RT-LAMP es una alternativa molecular fiable para la detección de SARS- CoV-2.

Introduction: The SARS-CoV-2 virus is the cause of the most recent pandemic of the 21st century. For its detection, the real-time RT-qPCR technique has been established as the reference molecular diagnostic method, due to its high sensitivity and specificity. However, there is a need to have molecular diagnostic alternatives that are equally or more sensitive

and easy to access and apply. Objectives: Determine the sensitivity and specificity of RT- LAMP and RT-qPCR, for the detection of SARS-CoV-2 and evaluate the correlation between

the quantitative results obtained using the RT-LAMP technique, measured through optical density, and the threshold cycle (Ct) values provided by RT-qPCR. As well as studying the diagnostic agreement between the results provided by both techniques. Methods: Analytical cross-sectional study. 123 samples were analyzed by RT-qPCR and RT-LAMP. RNA extraction was performed using commercial kits. RT-LAMP was quantified by spectrophotometer to correlate with Ct of RT-qPCR and the Kappa Index and ROC curve were calculated to evaluate agreement. Results: RT-LAMP had sensitivity and specificity greater than 90% compared to RT-qPCR. A significant correlation was observed between absorbance of RT-LAMP and Ct of RT-PCR. High diagnostic agreement between techniques (Kappa and ROC curve) with an optimal cut-off point of 0.39 for RT-LAMP. Conclusions: RT-LAMP has excellent diagnostic performance compared to RT-qPCR. with correlation and high diagnostic agreement between both techniques. In this way, RT-LAMP is a reliable molecular alternative for the detection of SARS-CoV-2.