Determinación de HAPLOTIPOS SNP’S de colecciones nacionales de cacao (Theobroma cacao L.) fino y de aroma proveniente de las regiones de Piura, Cuzco, San Martín y Amazonas – 2017

Abstract

El presente trabajo se realizó en el laboratorio de Biotecnología y Diversidad Molecular de la Universidad Nacional Agraria de la Selva – Tingo María y en el Centro de Genómica de la Universidad de Minnesota (Estados Unidos), teniendo como objetivo la evaluación de la estructura genética poblacional de una colección nacional de cacao fino y de aroma utilizando SNP’s obtenidas a través de Genotyping by Sequencing y la identificación de patrones únicos en cada grupo genético o poblacional. Se realizaron extracciones con el método de CTAB modificado, aislamientos y purificaciones de ADN, para determinar la calidad de este utilizando el instrumental Qu-bit, en hojas jóvenes de árboles diferenciados y representativos colectados en las regiones de Piura, Amazonas, Loreto, Cuzco, Huánuco, San Martín y Ecuador, para la respectiva caracterización molecular SNP, asimismo, se realizó Genotyping by Sequencing para determinar la estructura genética poblacional con la finalidad de visualizar subgrupos que tengan un origen genético común y, finalmente, se realizó el análisis bioinformático con SNP calling para detectar variantes haplotípicas. Los resultados obtenidos fueron 13414 alelos en locus, para cada región, se analizaron con la herramienta GenAlex 6.5, con la cual se obtuvo una matriz de distancia, que indicaría la menor distancia genética inter poblacional se presenta entre las regiones de Huánuco, Piura y Loreto, por el contrario, Cuzco, es la que tiene mayor distancia. Sin embargo, la distancia intrapoblacional, Cuzco es la que posee los individuos con menor distancia. Así también, el nivel de polimorfismo en la región San Martín es mayor con más del 82.52%, a comparación de Loreto que tiene tan solo 28.14% de polimorfismo. El nivel de heterocigocidad encontrada va desde 0.141 al 0.301, lo que indicaría la presencia de alelos comunes y polimórficos. También, se obtuvo un análisis de coordenadas de principales (PCoA) que muestra la segregación de los individuos en 5 grandes grupos, donde Cuzco es el grupo más distante, y el resto de individuos se agrupan en los grupos restantes. Se aplicó el análisis de varianza molecular (AMOVA), este indica que el índice de variación entre poblaciones es de 19% y dentro de las poblaciones 81%. También se realizó un multilocus matching, para encontrar haplotipos multilocus. Para finalizar, se realiza una búsqueda de alelos iguales ubicados en cada loci, identificando de la secuencia de haplotipos, únicos para cada región, teniendo como largo una secuencia que va desde 1991 alelos hasta casi más de 11000.